Diogo,
Isto costuma acontecer também para o diferimento total de ICMS. Na entrada o imposto é escriturado em "Outra Base", porém na devolução o standard envia para "Montante base" provocando a rejeição da NF de devolução.
A solução que realizamos é realizar um enhancement na FM J_1B_NF_VALUE_DETERMINATION, trocando a base do imposto conforme o CST.
Sds.
Gian